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UMR 7286 - Centre de Recherche en Neurobiologie et Neurophysiologie de Marseille

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AmplifX : Historique des versions

21 novembre 2013 : 1.7.0

- Version Mac maintenant sous Cocoa (compatible Mac OS 10.9 Mavericks et écrans Retina)
- Support des très grosses séquences. (Testé avec séquences de plus d’un million de bases)
- Très nette amélioration de la vitesse de la plupart des opérations consommatrices de temps : ouverture des séquences et des listes d’amorces, recherches de matches, design d’amorces...
- Version multilingue : toujours uniquement en anglais et français mais dans un seul "bundle". (Traducteurs bienvenus !)
- Tri multi-critères des listes d’amorces (voir menu "Amorces > Trier sur plusieurs critères...").
- Réorganisation manuelle de l’ordre de tri des amorces (glisser déplacer)
- Possiblité de retrier les amorces au niveau du numéro interne (ordre de création) et d’enregistrer ce tri.
- Ajout d’un nouvel élément (slider) dans la fenêtre principale : permet de modifier rapidement le nombre de nucléotides parfaitement identiques à la cible sur l’extrémité 3’ de l’amorce : plus ce nombre est petit plus l’algorithme de recherche d’appariement possibles des amorces sur la séquence cible est sensible et plus il est élevé : plus l’algorithme est rapide.
- Amélioration de la gestion menu "annuler"
- Amélioration des fonctions de zoom de la représentation graphique
- Nombreuses corrections !

5 février 2013 : 1.6.2

- IMPORTANT : corrige un bug grave corrompant la liste d’amorces : si vous êtes passé directement de la version 1.5.4 à la version 1.6.1 ET que vous enregistriez vos listes d’amorces APRÈS un tri (nom, ID, etc) ET que vous avez créé de nouvelles amorces depuis, ALORS vous avez potentiellement perdu des données dans les listes d’amorces.
- La restauration des préférences : restaure aussi largeurs par défaut des colonnes.
- Amélioration de la numérotation automatique des nouvelles amorces.

10 janvier 2013 : 1.6.1

- [Win] Correction : les fichiers d’amorces partagés sur un réseau smb ne posent plus de problèmes. (Merci à Lars d’avoir rapporté ce problème.)
- Correction : l’ouverture des listes d’amorces créées avec des versions d’AmplifX antérieures à 1.5.0 ne plante plus le programme !
- Meilleure présentation de la boite d’alertes (taille caractères, redimensionnement)

15 décembre 2012 : 1.6.0

- Nouveautés :

  • Version Linux (versions 32bits, GNOME testé sous Fedora 17 et Ubuntu 12.04 sous GNOME-classic (ne fonctionne pas sous Unity !).
  • Système de filtrage de la liste d’amorces : on tape dans le champ classique de recherche et la liste est filtrée instantanément. Possibilité de restreindre le filtrage aux amorces précédemment localisées par une "PCR".
  • Ajout d’une nouvelle colonne dans la liste d’amorces : code couleur de famille ou catégorie (ou ce qu’on veut !) Ce code couleur est repris dans la représentation graphique des PCRs
  • Possibilité de limiter la taille des amplicons affichés après lancement d’une PCR (par défaut 3000 bp) (zone de texte éditable à coté du bouton "lancer la PCR")
  • Gestion des matches "débordants" de la séquence (dans la limite de 254 bases !) (demande récurente des utilsateurs).
  • Ajout d’un menu "Inverser la casse". Tout particulièremenet utile avec les nouvelles options de design d’amorces.
  • Distribution de la version Windows sous forme d’un installateur (.exe) (produit par Inno Setup).
  • Distribution de la version Mac sous forme d’une image disque (.dmg) ?
  • Ajout du menu "Fenêtre" ?
  • Ajout d’un menu “Nouvelle liste d’amorces”.
  • Un clic sur un "match" d’amorce sélectionne automatiquement l’amorce en question dans la liste. Par contre la sélection d’un "match" ne sélectionne plus obligatoirement le panneau « info » mais garde le panneau actuellement affiché.
  • Création d’amorces : ajout du critère "GC clamp" permettant de spécifier un nombre miniumum de G ou C en 3’ de l’amorce (à la demande de certains utilisateurs).
  • Création d’amorces : ajout d’une option de recherche d’amorces dont les X nucl les plus en 3’ se trouvent sur des bases apparaissant en minuscules dans la séquence cible (interêt pour des designs particuliers, par exemple spécifiques d’un mutant)
  • Création d’amorces : les options spéciales et un peu éostériques sont cachées par défaut pour alléger l’inteface.
  • Les infos sur les amorces affichent maintenant la position de début et de fin.
  • Plus de limite de taille d’amplicon pour le design d’amorces
  • Si l’ID saisi est déja présent : le programme ajoute automatiquement une alerte : "[ID en doublon]" (or [Duplicate ID]"
  • Lors de la tentative d’ouverture d’un fichier réseau : apparition de la fenêtre "Patientez" permettant de savoir que le programme n’a pas planté mais que l’OS tente une connexion (pas possible pour l’instant d’interrompre spécifiquement la tentative dont la durée dépend de l’OS).
  • Lorsqu’on survole un "match" les amplicons commencant ou terminant sur cette amorce sont triés en premier et classés par taille dans la représentation graphique
  • Alertes lorsque nouvelles versions disponibles
  • Personnalisation exportation d’amorces : toutes les colonnes peuvent être choisies et triées
  • On peut maintenant ajouter plusieurs paires d’amorces en une seule fois depuis la fenetre de design.
  • Ajout d’un "splitter" vertical permettant de redimensionner indépendamment la partie haute (liste d’amorces) de la partie basse (représentation graphique).

- Améliorations :

  • Meilleure gestion de l’activation du bouton “Lancer PCR”
  • Corrections dans le menu contexuel de la lsite d’amorces
  • Meilleure gestion du zoom de la représentation graphique
  • Meilleure gestion du menu "coller brin complémentaire"
  • Améliorations de l’édition de la liste d’amorce
  • Amélioration des performances avec grandes séquences cibles.
  • Amélioration de la vitesse d’ouverture des listes d’amorces
  • Amélioration gestion du fichier de controle de vérrouillage (les noms des fichiers commencent par ’.’ ou par ’__’) pour les volumes réseaux n’autorisant pas le nommage de fichier avec un ’.’ au debut
  • Amélioration des comportements d’édition des champs d’édition de la liste d’amorces (bogues particulièrement génants dans les version Windows précédentes).
  • Amélioration des fonctions de recherche (controles activation, la recherche double-brin effectviement paramétrable (jusqu’à présent cocher ou non “recherche double brin” n’avait aucune acttion !) et aussi dans les séquences des amorces (bien utile lorsqu’on fait des copier coller à partir d’une application tierce pour relocaliser rapidement des amorces, demande de Denis Becquet)
  • Suppression du raccourci Pomme.H pour faire afficher l’aide (d’ailleurs toujours très sommaire !) qui rentrait en conflit avec le raccourci « Masquer AmplifX »
  • [Mac OS] Amélioration (dramatique !) des performances du “trimming” lors d’un collage d’une séquence.
  • Désactivation du bouton "Chercher" dans la fenetre de design d’amorces après une recherche jusqu’à modification de la séquence cible ou des critères de recherche. (Pour éviter de cliquer dessus bêtement alors qu’on vient juste de le faire. Ca vous ait jamais arrivé ?!)
  • Supression du message de taille limite d’une séquence cible
  • Gestion d’une valeur maximale de dégénéréscence pour les amorces en dessus de laquelle celles-ci ne sont plus analysées (256 par défaut). Exemple : une amorce dégénérée ACGTSN (cad ACGT puis C ou G puis A ou C ou G ou T) a un produit de dégénéréscence de 1x1x1x1x2x4=8
  • Amélioration des controles de cohérence dans les critères de design d’amorces.
  • Diverses corrections d’incohérences dans la numérotation des positions des match d’amorces et des tailles d’amplicon dans le design d’amorces. (la position du primer se réfêre toujours à son 5’ et non plus à la postion 5’ sur la séquence cible)
  • Correction de la différence de 1 dans la numérotation des bases lorsqu’on définit les critères de recherche par la sélection d’une partie de la séquence pour le désign d’amorces.
  • Correction du bug de la déletion d’une base lorsqu’on "redéfinit l’origine"
  • [Win] Amélioration du rendu graphique du dessin du cadre de zoom (obtenue par drag avec touche majuscule)

28 octobre 2008 : 1.5.4

- Correction mineure de la version 1.5.3 : le calcul de la taille d’amplicon lors du design d’amorces était faussé par la correction de la position de l’amorce anti-sens ! (merci à Savio Chan, champion actuel de la détection des bugs dans AmplifX !)

20 octobre 2008 : 1.5.3

- Arrangement du dialogue d’alertes (supression des superpositions de messages)
- Nouvelle option « Exclure minuscules » dans la fenêtre de design d’amorces (déjà présent dans 1.5.2 mais non documenté !). Cette option permet par exemple de générer des amorces uniquement dans des régions conservées d’une séquence pour avoir un couple universel pour un gène (ou le contraire au choix !). (La sequence cible doit avoir été formatée à l’avance « à la main » ou avec un programme tiers.
- Redéfinir l’origine de la séquence cible peut se faire aussi par clic droit au niveau de la zone de texte (précedemment uniquement sur la représentation graphique)
- Corection position oligo reverse dans design (pas le meme calcul que fenêtre principale après test d’amorces) (bug vu par Savio Chan).
- Ajout d’informations (nom matrice, position match, date du design,...) dans le nom descriptif et les commentaires lorsqu’une paire d’amorce a été dessinée dans AmplifX et ajoutée à la liste d’amorce courante (demande de C. Savio Chan).
- Restauration valeurs min et max des scores seuils de détection des hybridations d’amorces au cours de la PCR virtuelle. Désolé, il s’agissait d’une anticipation sur la version 1.6 à venir ! (Merci encore à C. Savio pour avoir rapporté ce bug.)
- Plusieurs corrections dans la fonction recherche de toutes les occurrences dans la liste d’amorces.

15 septembre 2008 : 1.5.2

- Gestion correcte de la touche esc (escape) lorsque le pointeur est dans une cellule de la liste d’amorce : pas de caractère pseudo-espace saisi et perte du focus de la cellule. (Merci à Lars Henning pour avoir rapporté le bug.)
- Correction importation format GenBank (un G était rajouté systématiquement en début)
- Reconaissance du format ApE (qui n’est rien d’autre qu’un format GenBank !) (demande de Michael Stahl)
- Correction bug plantage lorsque certains caractères unicode étaient inclus dans une séquence lors de son importation (merci à Damien Hermand d’avoir raporté ce bug)
- Correction sauvegarde clé d’enregistrement lors de remise par défaut des pref.

10 juillet 2008 : 1.5.0

- Changement du format des fichiers d’amorces : mise à jour automatique lors de l’ouverture avec AmplifX 1.5.0 et supérieur.
- Afin de travailler sur des fichiers d’amorces communs à plusieurs personnes sans risque d’écraser les modifications apportées lors d’utilisations simultanées : AmplifX créé un « verrou » autorisant l’écriture uniquement au premier utilisateur. Ce verrou est automatiquement enlevé lorsque cet utilisateur ferme le fichier les autres utilisateurs sont invités alors à recharger le fichier mis à jour.
- Ajout d’une colonne « possesseur » utile pour l’utilisation Multi-Utilisateur. Elle peut être rempli grâce à un menu local contenant les valeurs précédemment saisies dans cette colonne.
- La largeur des colonnes de la liste d’amorces, la taille et la position de la fenêtre principale sont restaurées à chaque ouverture du programme.
- Pour chaque nouvelle amorce ajoutée, un id est automatiquement proposé (mais il peut être évidemment modifié). Le programme se base sur l’analyse des derniers ID. Le format recommandé est un préfixe suivi d’un nombre, éventuellement formaté avec un nombre constant de 0 : par exemple Pr0001, Pr0002,...
- La saisie d’un retour à la ligne est empêchée dans tous les champs de la liste d’amorces (Les touches entrée et retour sont gérées de manière similaire à une tabulation : passage au champ suivant)
- Ajout de la taille de l’amplicon dans la liste des couples d’amorces trouvées de la fenêtre de design d’amorces.
- La fenêtre de design d’amorces n’est plus redimensionnable.
- Gestion des dates d’expiration pour les versions bêtas.
- Gestion du glisser-déposer dans le champ de séquence cible : les glisser-déposer provenant d’une source externe sont autorisés et processés : élimination de tous les caractères non ATCG. Par contre on empêche le glisser-déposer interne pour éviter les glisser-déposer intempestifs lorsqu’on joue avec une sélection (par exemple lorsqu’on désigne une amorce à la main)
- Recherche automatique des nouvelles versions d’AmplifX. Demande automatique d’enregistrement et retour d’expérience à travers un formulaire intégré à l’application. (Note : pour une application mise gratuitement à la disposition de tous, il est important pour leurs auteurs d’avoir un retour sur l’utilisation qui en est faite : Donnez en échange une minute de votre temps pour donner votre avis !
- Restauration de la fonction coller dans le champ de recherche du dialogue Chercher et ID et description de la liste d’amorces.
- Correction de la fonction de zoom : avec drag + touche majuscule on affiche la région entourée comme attendu.

25 septembre 2007 : 1.4.4

- Correction d’un bug apporté par la dernière version : lorsqu’on utilisait les raccourcis clavier pour copier (Commande+C sur Mac et Control+C sur PC) ou pour coller (Commande+V ou Control+V),et que l’on maintenait les touches appuyés : le menu était bien appliqué dans un premier temps mais ensuite la touche était traitiée seule et donc la séquence se remplissait de C (cytosine) ou V (code IUPAC pour « not U », c’est à dire A ou C ou G). Merci à Patrick Trieu-Cuot, toujours aussi vigilent ! (et je profite aussi de le remercier pour avoir cité AmplifX dans son dernier papier)

19 septembre 2007 : 1.4.3

- [mac] La version Mac est maintenant compilée en Universal Binary (environ 3 x plus rapide sous MacIntel).
- Nouvelle interface : les infos aditionnelles des amorces apparaissent maintenant directement à droite de la liste dans la fenêtre principale. La fenêtre tiroir précedente se comportait trop bizarement et n’était pas assez utilisé (champ commentaire, pourtant très utile)
- Correction bug import liste primers à partir d’une liste AmplifX (gestion de la ligne de commentaire commencant par //)
- Restaure action touche delete dans primer list sequence
- Restaure acton touche « tab » pour editer les cellules suivantes de la primer list
- Possibilité de faire une recherche (menu Edition->Chercher) sur le brin complémentaire de la séquence cible.
- On peut maintenant sélectioner une région dans la séquence cible et dire à AmplifX de dessiner des primer pour amplifier cette région (Merci à David Cittaro pour cette suggéstion)
- Un double click dans le champ séquence cible sélectionne le bloc de meme casse (minuscule ou majuscule) pratique pour utiliser conjointement avec le point précedent.
- [Win]Amélioration de l’interface de la version Windows :abandon de la Multiple Document Interface (MDI) qui ne servait à rien et qui était simplement le résultat de mon incompétence de l’environnement Windows ! (Mais l’interface Mac reste encore beaucoup plus jolie !)
- Limitation de l’echelle de la représentation graphique pour éviter de la « perdre » lorsqu’on clique avec la majuscule sans tracer une zone
- Le menu « Sauvez sous » rajoute le terme « copie » au bon endroit c’est à dire avant l’extension.
- Correction d’un bug à l’import d’une liste primers à partir d’un format AmplifX (gestion de la ligne de commentaire commencant par //)
- Amélioration de l’affichage des HelpTag de la liste des amorcest
- Calcul de TM et qualité limité pour les amorces de moins de 100 pb : pour éviter un crash lorsqu’on colle n’importe quoi dans la séquence de l’amorce, par example.
- Les commentaires ne sont plus perdus lorsqu’on modifie la séquence d’une amorce.

4 oct 2006 : 1.4

- AmplifX est maintenant compilé sous RealBasic 2006. Cela fait de la version Mac une "vraie" application OS X.
- Il accepte maintenant les amorces dégénérées : une option longtemps attendue par de nombreux utilisateurs. (Merci (!) à eux de m’avoir poussé à l’integrer)
- Les exports de la représentation graphique ont été amélioré en permettant l’export en format vectoriel. Seul véritable moyen de retoucher et d’exploiter un dessin. Deux formats ont été retenu :

  1. Le format PICT qui est le format vectoriel historique du monde Mac et qui est encore largement utilsé dans de nombreuses suites bureautiques (pas besoin de donner des noms !)
  2. Le format SVG : un nouveau venu, basé sur XML et qui a des possibilités extraordinaires, mais qui est malheureusement pas encore assez exploité. Pour en savoir plus sur SVG vous pouvez allez voir içi : http://www.svg.org et vous pourrez trouver un éditeur SVG open source içi : http://www.inkscape.org.

- Et comme à chaque nouvelle version : quelques corrections de bugs (et ajouts de nouvelles ?!)

11 nov 2005 : 1.37

(Remerciements à Lars Henning et Sam Lukowski pour leurs retours d’experience)
- Compilation sous RealBasic 2005 : permet de corriger certains bugs dus à la version précedente, notamment de nombreux bugs présents dans la version Windows (merci à Lars Henning pour son feedback sous Windows)
- Nouvelles icônes.
- Amélioration des fonctions liées au presse-papier et de la fonction d’annulation de saisie.
- Amélioration de l’apparence et du comportement de la fenêtre tiroir affichant les informations complémentaires sur les amorces : l’affichage et le masquage sont maintenant uniquement controlés par un bouton en haut à droite du panneau des amorces (suggestion de Sam Lukowski), l’afffichage ne se fait plus qu’à droite et la fenêtre principale se déplace ou redimensionne automatiquement pour permettre un afffichage correct de ce tiroir.
- Amélioration de la gestion des menus (qui doit etre activé et quand)
- Intégration (partielle) des menus contextuels.
- Ajout de nouvelles étiquettes d’aides sur plusieurs élements de l’interface (help tags) et menu permettant de les activer ou non (Aide Contextuelle)
- Ajout d’un nouvel indicateur de la position de la souris sur la carte, plus esthétique et plus fonctionnel que le help tag précedent (et corrigé quand la carte est zoomée)
- Gestion du « dot close button » sous Mac OS X après modification de la liste d’amorces dans la fenêtre principale.
- La fenêtre préférences s’affiche sous forme de dialogue modal et peut être appelée depuis la fenêtre de design des amorces.
- Possibilité de choisir le nombre de paires de meilleurs scores affichées dans la liste dans la fenêtre de design d’amorces (de 1 à 1000) (Nouvel algorithme : plus lent lorque on affiche que 10 paires mais plus rapide lorsque l’on en affiche un grand nombre)
- Amélioration de la gestion de la fermeture de l’application lorsque la fenêtre de design d’amorces est visible.
- nouveau calcul de la température de fusion conseillée, d’après formule Chavali,S. et al in Bioinformatics 21 pp 3918-3925 (2005) (avec TM amplicon calculé par méthode NN)

06 sept 2005 : 1.31

- Correction d’un bug entrainant la non création d’une séquence amplifiée quand l’echelle du dessin est telle que la séuqence mesure moins d’un pixel (particulièrement génant avec les très longues séquences pour lesquelles cette situation peut se produire assez souvent)

- Correction de plusieurs bugs (!) liés à la saisie ou au collage dans la liste d’amorces. (notamment l’impossibilité de saisir des caractères différents de ATCG. (Merci à Ralf Kölling d’avoir reporté ce bug)).

02 sept 2005 : 1.30

- Nouveau menu « Annuler » : permet d’annuler la dernière modification dans le champ séquence et dans la liste d’amorces
- Nouveau code pour la recherche des alternances minuscules/majuscules plus de 10 fois plus rapide !
- Nouvel élément d’interface : la sélection courante dans la séquence cible est visualisée sur la représentation graphique par une zone bleue semi opaque.
- Les couleurs pour l’alternance majuscules/minuscules sont fixées : c’est toujours la même couleur pour les minuscules et toujours la même pour les majuscules. Jusqu’à présent la première couleur était toujours la même quelle que soit la casse. (J’en ai profité pour adoucir un peu les couleurs)
- Nouvelles couleurs des amorces et des fragments amplifiés pour éviter l’affreux vert précédent.
- Essais sur les limites de capacité d’AmplifX. J’ai déterminé que la version Mac commençait à sérieusement ralentir voir planter au-delà de quelques dizaines de milliers de bases. La version Windows quant à elle fonctionne très bien jusqu’à plusieurs centaines de milliers de bases. Un message prévient l’utilisateur quand la séquence dépasse une limite arbitraire pour chaque plate-forme (70 000 sous Mac et 300 000 sous Windows).

26 juil. 2005 : 1.11

- Correction d’un décalage apparaissant à l’export/impression de la vue graphique.
- Utilisation des flèches gauches et droites dans l’édition des listes d’amorces pour se déplacer à l’intérieur d’un champ et non plus pour se déplacer d’un champ à l’autre.
- Fonction “exporter les amorces cochées » ; utile, par exemple, pour envoyer à la synthèse (fichier texte : sequence tab id)
- Chercher dans la liste d’amorces cherche maintenant aussi dans le champ commentaire. (Ce champ est accessible dans la fenêtre tiroir qui s’ouvre quand on clique sur une ligne d’amorce au niveau des champs non éditables, tels que longueur, TM et qualité. Pensez à utiliser ce champ pour renseigner toute information complémentaire concernant les amorces, tels que emplacements (congélateurs et boites), conditions d’utilisations,…)
- Correction d’un bug associé à l’utilisation de retour chariots dans le champ « commentaires » qui corrompait le fichier de liste d’amorces.
- Changement du menu « Enregistrement gratuit » en « Envoyer vos commentaires… » pour inciter les utilisateurs à partager leurs idées d’amélioration.

07 fév. 2005 : 1.10

Une fois de plus merci à Patrick Trieu-Cuot pour ses suggestions et encouragements.

Nouveautés majeures :
- Nouvelle fonction de design de primers : AmplifX cherche des paires de primers avec aucun ou l’un ou l’autre des deux primers fixés. (Algorithme en cours d’amélioration, retour d’expérience bienvenu)
- Impression et exportation de la représentation graphique.
- Ouverture des fichiers séquence cible au format DNA Strider (dont une nouvelle version pour Mac OS X est disponible)
- Nouvelle information sur la séquence amplifiée : ajout d’une température suggérée d’hybridation pour la PCR. (D’après Rychlik.W et al in NAR (1990), vol 18 pp 6409-6412)
- Possibilité de rechercher des motifs dans la séquence cible (accès par les menus déjà existants employés jusqu’alors pour la recherche dans la liste d’amorces )
- Utilisation de texte stylé pour la séquence amplifiée copiée : permet de repérer facilement les primers, lorsque la séquence est collée dans une application qui supporte les styles

Corrections et améliorations :
- Adéquation de l’utilisation de la relation " Supérieur ou égal au cut off " pour le dessin et pour la recherche de matches.
- L’utilisation des flèches droites et gauches, et de la touche de suppression fonctionnent dans les champ de saisie des préférences.
- Correction d’une erreur lors de l’importation de fichiers au format GeneBank.
- Correction de l’affichage des informations de la sélection courante de la séquence cible lors de l’utilisation des menu "Tout sélectionner", " Minuscules ", " Majuscules" et lors de la désélection
- Maintien du statut minuscules/majuscule sur les brins complémentaires.
- Utilisation de texte stylé pour la séquence amplifiée copiée : permet de repérer facilement les primers, lorsque collé dans une application qui le supporte.
- Correction de la non mise à jour du bouton « par défaut » lors d’un "Enregistrer sous".
- Lorsque l’on affiche la fenêtre de recherche, le focus est mis au champ de recherche.
- Le bouton de recherche a un comportement de bouton par défaut (touche entrée = clic)
- Correction d’un bug lié à la liste des fichiers récents conservé dans le fichier préférence et qui pouvait entraîner dans certaines circonstances un plantage au démarrage d’AmplifX dont la seule solution était jusqu’alors de détruire le fichier de préférences.
- Correction d’un bug lors du recalcul automatique des qualités de primers de la liste par défaut au démarrage d’AmplifX
- Correction du placement du primer 3’ sur la carte ( corrige la taille apparente des petits fragments pour lesquels la taille du primer est non négligeable)

10 jan. 2005 : 1.00

La première version "finale"

Grâce notamment aux encouragements, remarques et suggestions de nombreux utilisateurs, j’ai pu "finaliser" AmplifX à un point qui mérite (j’espère) d’avoir comme numéro de version : 1.00.

(N’hésitez pas à continuez quand même à envoyer vos remarques pour m’aider à corriger tout ce qui reste à l’être)

Je tiens donc à remercier toutes les personnes suivantes pour leur soutien et leur aide : Andrea Cabibbo, Christophe Hennequin, Corentin Cras-Méneur, Denis Becquet, Immo Junghärtchen, Jean-Louis Franc, Jean-Paul Boissel, Jean-Paul Herman, Markus Winter, Patrick Trieu-Cuot, Todd Geders

nouveautés de la version 1.00
- Nouveau calcul de qualité prenant en compte le TM (bases stacking method) , le %GC la présence de polyX et la présence de dimères.
- Nouvelle fenêtre tiroir contenant des détails sur la qualité du primer et un champ “observations” afin d’associer tout type de donnée texte à chaque amorce.
- Les différents accrochage d’une même amorce à plusieurs endroits sur la séquence cible sont maintenant facilement visualisé par le changement simultané de leur couleur lorsque la souris les survole.
- Prise en compte des “U” (ou u) dans les targets et oligos automatiquement transformés en T (ou t)
- Correction pour l’importation de fichiers textes d’amorces créés avec textEdit par exemple (caractère de fin de ligne non conventionnel pour Mac)
- Traduction de phrases en français “contaminantes” dans la version anglaise (merci à Todd Geders pour les avoir relevé et proposé une traduction)
- Nouvelle table pour le calcul du score d’annealing des oligos : permet de mieux équilibrer la mise en évidence des oligos annealant faiblement et ceux qui sont sur.
- Nouveau dessin plus lisible des match sous deux formes match fort (score >170) et match faible idem pour les amplifications
- L’amorce ou le fragment amplifié dont on visualise les infos est dans une couleur spéciale (ce qui permet de se rappeler lequel on visualise !)
- Possibilité de ne montrer les matchs faibles que si l’oligo accroche déjà la séquence avec un match fort ou bien de façon systématique
- Les colonnes “Longueur” et “Qualité” de la liste d’amorces sont triables par grandeur numérique, les autres colonnes restent triables par ordre alphanumérique (Pensez à utiliser dans le champ ID des entrées du type Pr0001, Pr0002,… par exemple).
- Menu “ouvrir une séquence” fonctionne : reconnaissance des fichiers au format texte : GenBank, EMBL, FastA, GCG. Les autres formats textes étant considéré comme du format “brut” = importation de tous les caractères ATCGU trouvés.
- Amélioration de la possibilité de dessiner les amorces directement dans AmplifX avec un calcul en direct de la sélection faite dans le champ “Target” considéré comme amorce (TM et note globale de qualité)
- Le menu « Tout sélectionner » fonctionne aussi avec le champ « informations »
- Ascenseur horizontal pour déplacer la zone visible lors d’un agrandissement de la représentation graphique
- Menu « Majuscules » et « Minuscules » pour modifier le style des sélections courantes du champ « Target »

17 nov. 2004 : 0.96

Merci à Patrick Trieu-Cuot, qui a détécté un bug important et qui a suggéré des évolutions intéressantes.

- Correction d’un bug (grave !) qui entrainait une sélection de la séquence amplifiée et du match du primer décalé d’une base vers la droite dans le champ « target »
- Ajout d’une zone de texte au dessus du champ « target » indiquant la taille et la position de la sélection courante.
- Ajout d’un menu « Coller le brin complémentaire » pour définir rapidement des oligos directement dans AmplifX à partir de la séquence « Target » ou de n’importe qu’elle action de copie dans une autre application.
- Le clic dans la représentation graphique d’un fragment amplifié, place automatiquement dans le presse-papier la vraie séquence amplifiée, c’est à dire la séquence avec les éventuelles extrémités flanquantes apportées par les primers. (très utile pour les bricolages de séquences dans une autre application)
- Apparition d’un menu « Enregistrement » qui permet à l’utilisateur de s’inscrire en ligne, afin de bénéficier éventuellement des annonces de mises à jour et surtout de pouvoir faire un retour d’informations au gentil développeur bénévole.

12 nov. 2004 : 0.95

Immo Junghärtchen a encore proposé des choses intéressantes qui ont été prise en considérations pour cette nouvelle version. Merci aussi à Denis Becquet.

Nouvelles fonctionnalités :
- Les primers, de la même façon que la séquence ‘target’, subissent un “nettoyage” des caractères autres que A,C,G,T., aussi bien à l’importation que pendant l’édition manuelle (collage ou frappe au clavier)
- Il est maintenant possible de naviguer dans la liste de primers avec la touche tab et les flèches de direction.
- Le nom du fichier de primer chargé apparaît maintenant au dessus de la liste dans une sorte de menu local qui permet aussi de charger rapidement les fichiers préférés. Un bouton radio permet de désigner de façon plus intuitive que dans les versions précédentes le fichier par défaut.
- Les fichiers de listes de primers reçoivent une icône personnalisée et sont double-clicables
- Plus de nombreuses corrections de bogues et une amélioration du code.

02 nov. 2004 : 0.92

Je tiens à remercier Immo Junghärtchen pour ces commentaires qui m’ont aidé et motivé pour préparer cette mise à jour.

Nouvelles fonctionnalités :
- La fenêtre principale d’AmplifX est maintenant redimensionnable. (Les colonnes de la liste de primers aussi)
- Messages d’alertes lorsque l’on lance une PCR alors qu’il n’ a aucune amorces dans la liste, ou pas de séquence cible ou pas d’amorces cochées.
- Améliorations cosmétiques de l’interface.
- Elimination du problème de réactivation de la fenêtre après l’execution de “Lancer la PCR”
- Amélioration des gestions de vérifications de sauvegardes des listes de primers modifiés avant une ouverture ou importation d’une nouvelle liste.
- Diverses améliorations du code

27 oct. 2004 : 0.91

Correction d’un bogue se manifestant lorsqu’il n’y a aucun fichier de primers par défaut défini dans le fichier de préférences.

26/10/04 : 0.9

La première version publique !