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UMR 7286 - Centre de Recherche en Neurobiologie et Neurophysiologie de Marseille

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Présentation d’AmplifX

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AmplifX

Gérer, tester et dessiner ses amorces pour la PCR

Version 1.7.0

(Mise à jour du 21 novembre 2013)

 

Principales fonctions


- Gérer ses amorces
  • Importation ou création facile de listes d’amorces
  • Nommer, commenter, trier les amorces
  • Partager simplement les listes d’amorces (fonctions automatique de verrouillage en lecture seule lorsque la liste est déjà chargée par un utilisateur)
  • Calculs automatiques d’un score de qualité (TM [méthode Santa Lucia], longueur, GC%, autodimère, complexité, etc
  • Compatible avec les séquences dégénérées

- tester ses amorces

  • Localisation des amorces sur des séquences cibles (nombreux formats pris en charge et copier-coller "intelligent")
  • Prédiction des fragments amplifiés
  • Représentation graphique interactive
  • Informations pertinentes sur les "matches" et amplicons (TM, taille, dimères prédits, etc)

- Dessiner des amorces

  • Interface simple et intuitive pour créer de nouvelles amorces pour amplifier un fragment donné, un amplicon de taille donnée, etc
  • Nombreuses options de désign

Nouveautés de la dernière version


- Version Mac maintenant sous Cocoa (compatible Mac OS 10.9 Mavericks et écrans Retina)
- Support des très grosses séquences. (Testé avec séquences de plus d’un million de bases)
- Très nette amélioration de la vitesse de la plupart des opérations consommatrices de temps : ouverture des séquences et des listes d’amorces, recherches de matches, design d’amorces...
- Version multilingue : toujours uniquement en anglais et français mais dans un seul "bundle". (Traducteurs bienvenus !)
- Tri multi-critères des listes d’amorces (voir menu "Amorces > Trier sur plusieurs critères...").
- Réorganisation manuelle de l’ordre de tri des amorces (glisser déplacer)
- Possiblité de retrier les amorces au niveau du numéro interne (ordre de création) et d’enregistrer ce tri.
- Ajout d’un nouvel élément (slider) dans la fenêtre principale : permet de modifier rapidement le nombre de nucléotides parfaitement identiques à la cible sur l’extrémité 3’ de l’amorce : plus ce nombre est petit plus l’algorithme de recherche d’appariement possibles des amorces sur la séquence cible est sensible et plus il est élevé : plus l’algorithme est rapide.
- Amélioration de la gestion menu "annuler"
- Amélioration des fonctions de zoom de la représentation graphique
- Nombreuses corrections !

Voir l’historique complet des versions

Télécharger AmplifX 1.7.0 en version multilangue (français et anglais)

Zip - 2.4 Mo
AmplifX Mac
Mac OS 10.5 ... 10.9 (Cocoa) Multingual (Fr, En)
Zip - 2.4 Mo
AmplifX Windows
XP ... Windows 8 - Multingu. (Fr, En)
Zip - 3.4 Mo
AmplifX Linux
Linux 32 bits (GNOME)

 

Versions spéciales (anciens Mac - AmplifX version 1.6.3)

Mise à jour du 25 novembre 2013 : les versions 1.6.3 ci dessous ne forcent pas le téléchargement de la nouvelle version 1.7 (puisque cette dernière n’est pas compatible avec les "vieux" Mac

Zip - 2.4 Mo
Mac Intel Mac OS 10.4 10.5
Avant Mac OS 10.6 (Mac Intel uniquement)
Zip - 2.5 Mo
Mac PPC
Pour les Mac PowerPC (G3, G4, G5)

Aide :

- Aide rapide.

Informations légales :

Merci de citer AmplifX dans vos publications :

AmplifX XXX [version number] by Nicolas Jullien ; CNRS, Aix-Marseille Université - http://crn2m.univ-mrs.fr/pub/amplifx-dist

Ce programme est mis gratuitement à la disposition de la communauté scientifique en l’état et tel quel. L’auteur ne pourra être tenu responsable d’un éventuel mauvais fonctionnement.

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